罗斯托克大学设有九个学院，五十个专业，教职员工5000人，在校生15000人。

罗斯托克大学图书馆建于1569年，包括三个区域图书馆、十个专业图书馆以及大学档案馆、保管室、专利和标准中心，藏书约220万册，亦藏有众多古籍，包括2800卷手抄本和签名、650卷古版书和14份遗产。

南城食堂是罗斯托克大学的主要食堂，位于阿尔伯特·爱因斯坦街，于1999年新建，在学生杂志《UNICUM》的评比中全德排名第一。现已拆除的旧食堂在学生参与下建于1976年，设有曾颇受欢迎的食堂电影娱乐部和牛奶吧，这两项设施在新建筑中被省略，2004年5月在旧食堂原址（即新食堂和南环路之间）建成了第一图书馆的新馆。另一食堂位于圣乔治街，靠近市中心。

从1992年开始罗斯托克大学也开始提供深化函授专业。这些专业和博洛尼亚过程范围内的质量保障中心的改组属于同一计划。

罗斯托克大学的语言中心为各专业学生提供很多可获得国际UNIcert证书的语言课程。

现任校长汉斯·于尔根·温德尔教授于2002年。2006年5月17日由教授、职员和学生各22人组成的大学议会选出新任校长托马斯·施特罗特霍特，校长任期四年。