EBS商学院下设4个学系：金融与会计、管理与经济、市场营销、运营管理，每个学系下又分设不同的专业方向从事相关的教学与研究：

金融与会计系：

公司金融、银行金融、金融计量与资产管理、私人金融与财富管理、房地产、会计、内部控制、税务

管理与经济系：

企业管理、组织行为与人力资源、创业管理、创新管理、可持续发展管理、宏观经济学、经济政策、行为经济学、经济与法律

市场营销系：

战略营销、品牌管理、汽车营销、消费者行为与销售、社会企业

运营管理系：

供应链管理、工业管理、创业管理

相关研究中心：

航空管理研究中心The Aviation Management Center (AMC)

健康管理研究中心Healthcare Management Institute

商业与社会转型研究中心Institute for Transformation in Business and Society (INIT)

供应链管理研究中心 Institute for Supply Chain Management – Procurement and Logistics (ISCM)

品牌与传播研究中心 Institut für Marken und Kommunikationsforschung (IMK)

商业道德研究中心 Institut für Unternehmensethik (IfU)

市场管理研究中心 Market Management Institute (MMI)

私人金融研究中心 Private Finance Institute (PFI)

房地产管理研究中心 Real Estate Management Institute (REMI)

创新与创业研究中心 Strascheg Institute for Innovation and Entrepreneurship (SIIE)

战略金融研究中心 Strategic Finance Institute (SFI)